Геологическое строение долины Катуни весьма разнообразно как по составу, так и времени образования — от самых древних протерозойских пород до современных. Доминируют сланцы, граниты, известняки, мраморизованные известняки. Для реки характерны поймы умеренного распространения, которые располагаются вдоль русла. Имеют место множество островов с основой из галечника, песчаника и реже — скалистого субстрата, покрытых практически девственными лесами[15].